Continuou a especializar-se na área da Medicina do Sono, através dos programas de Master em Sono: Fisiologia e Medicina, pela Universidade Pablo Olavid de Sevilha, Diploma em Medicina do Sono, pela Stanford School of Sleep Medicine, e Certificação em Medicina do Sono pelo Royal Colege of Edimburgh. Colaborou, durante cerca de uma década, com o Centro de Eletroencefalografia e Neurofisiologia Clínica/CENC-Centro do Sono, com as Unidades de Sono do Hospital da Luz Amadora e Setúbal e iniciou as consultas de sono, nos serviços de Estomatologia do Hospital de Santa Maria, em Lisboa e de São João, no Porto. Coordenou a Unidade de Sono do Hospital Soerad, em Torres Vedras (2008-2018) e fundou o Centro Europeu do Sono, que dirige atualmente.

É Especialista Europeu (pela European Sleep Research Society), e Internacional (pela World Sleep Society) em Medicina do Sono.

Na vertente odontoestomatológica, exerce prática clínica preferencial nas áreas da cirurgia oral/Implantodontia e do sono, é Diplomado pelas European Academy of Dental Sleep Medicine (Entry Level), American Academy of Dental Sleep Medicine e Associação Brasileira do Sono (e Associação Brasileira de Odontologia do Sono).

Foi assistente de Anatomia na Escola Superior de Saúde Ribeiro Sanches e de Histologia e Embriologia e Fisiologia Humana, no Instituto Superior de Ciências da Saúde-Sul e na Escola Superior de Saúde Egas Moniz. Desde 2007 que integra a equipa de colaboradores investigadores do Instituto de Fisiologia da Faculdade de Medicina de Lisboa.

É o atual Diretor da Unidade de Sono do Centro Cardiovascular da Universidade de Lisboa, na Faculdade de Medicina, mantendo-se como Docente Livre da Clínica Universitária de Cardiologia da mesma faculdade. É “Lecturer” no Departamento de Ciências Diagnósticas da Universidade de Tufts, em Boston, Estados Unidos, e Professor Convidado de Medicina do Sono na Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública e na Faculdade São Leopoldo Mandic, respetivamente em Salvador e Campinas, no Brasil.

Miguel Meira e Cruz coordena a Pós-Graduação em Cronobiologia Clínica e Medicina do Sono da Escola Superior de Saúde de Alto do Ave, em Famalicão, Portugal.

No âmbito académico-científico, faz parte da Direção da World Dentofacial Sleep Society, e integra a Associação Brasileira de Narcolépsia e Hipersónia Idiopática, bem como a Comissão Científica da American Academy of Dental Sleep Medicine. É Membro do International College of Dentists, e foi Presidente da Associação Portuguesa de Cronobiologia e Medicina do Sono (2013-2021), Vice-Presidente da Sociedade Iberoamericana de Medicina Oral do Sono (desde 2020), Membro Fundador da Society of Behavioral Sleep Medicine (2011) e Membro da Direção da Associação Portuguesa de Medicina Oral do Sono (2009-2011).

É Editor, Consultor, e Membro do Conselho Consultivo e Editorial de várias revistas com peer-review. Publicou mais de 100 artigos, dos quais cerca de 55 indexados, e apresentou mais de 400 palestras/coordenações em reuniões nacionais e internacionais.

As suas principais áreas de interesse convergem, na insónia, distúrbios respiratórios do sono, distúrbios dos movimentos durante o sono, e sua interação, nomeadamente com o risco cardiovascular e metabólico associado. Introduziu, em Portugal, a terapêutica de rotina com dispositivos orais de avanço mandibular para o controlo dos distúrbios respiratórios do sono (2006) e foi pioneiro no estudo da Comorbidade entre Insónia e Apneia do Sono em idade pediátrica, validando alguns instrumentos importantes para avaliação e diagnóstico dessa interação, nomeadamente em contexto de doença cardiometabólica e na dor crónica.